In Bezug auf mehr oder weniger lokale Ereignisse...

Der Zweite Kappelkrieg, 1531, der Konflikt zwischen Protestanten und Katholiken.

Sonderbundskrieg, 1847, Bürgerkrieg.

Alter Zürichkrieg, 1440-1446, Konflikt zwischen Zürich und anderen Kantonen

Der Toggenburger Krieg, 1712, wieder Protestanten und Katholiken.

Der Schwäbische Krieg, 1499, der Konflikt zwischen der Schweizerischen Union und der Schwäbischen Union

Alle Schweizer Kriege sind in der vorhergehenden Antwort beschrieben. Es gab aber auch Kriege von Drittstaaten, die auf Schweizer Territorium stattfanden - insbesondere eine Reihe von revolutionären und napoleonischen Kriegen, die auf Schweizer Territorium stattfanden.