Meist heilen HPV-Infektionen spontan aus, da die Immunzellen die HPV-Viren abtöten. Manchmal schwächen aber bestehende Erkrankungen das Abwehrsystem und damit den Kampf gegen HPV. Daher müssen diese behandelt werden.

Allgemein richtet sich die Wahl der HPV-Therapie nach der Art und Ausdehnung der HPV-Symptome. Dabei können Krankheitserscheinungen wie Kondylome oder Hautwarzen auf unterschiedliche Weise behandelt werden. Die HPV-Viren selbst werden nur selten vollständig beseitigt. Daher kommt es häufig zu Rückfällen.