Eine Stammzelltransplantation‎ lässt sich in verschiedene Phasen unterteilen.

Die eigentliche Behandlung besteht aus zwei Abschnitten: der Konditionierung, mit der das Knochenmark‎ für die neuen Blutstammzellen‎ „vorbereitet“ wird, und der Übertragung der Stammzellen selbst.

Aber auch nach der Transplantation ist der Patient noch behandlungsbedürftig. Denn es dauert einige Zeit, bis die transplantierten Stammzellen angewachsen sind, die Blutbildung wieder in Gang kommt und das Immunsystem‎ des Patienten vollständig wiederhergestellt ist. Auch mit verschiedenen Komplikationen muss gerechnet werden, die vorbeugender oder behandelnder Maßnahmen bedürfen.