Die häufigste Ursache für Durchfall sind Darmerkrankungen viraler oder bakterieller Art sowie lebensmittelbedingte toxische Infektionen (Vergiftungen). In diesem Fall werden in der Regel Enterosorbentien verschrieben. Probiotische Medikamente können verschrieben werden (stellt die Darmmikroflora wieder her und beseitigt die pathogene). Die bakterielle Darminfektion beinhaltet in der Regel die Verabreichung von Darmantiseptika oder systemischen Antibiotika.